Hòn đảo được hình thành cách đây gần 125.000 năm, được phát hiện vào năm 1511 bởi các nhà thám hiểm người Bồ Đào Nha. Đến thế kỷ 18, nơi đây trở thành thuộc địa của Pháp với Réunion. Năm 1810 Aldabra cùng với các đảo Mauritius, Réunion, Seychelles và các đảo khác, trở thành thuộc địa của Vương quốc Anh. Phải đến năm 1965, hòn đảo mới thuộc về Seychelles, sau đó quốc đảo này độc lập vào năm 1976.

Trước đó, vào năm 1960 đã có những thám hiểm khảo sát để xây dựng hệ thống phát sóng truyền hình cùng với kế hoạch quân sự nhưng sau các cuộc biểu tình quốc tế, các kế hoạch đã phải hủy bỏ và môi trường sống của động vật hoang dã trên đảo đã được bảo tồn.

Ngày 19 tháng 11 năm 1982, UNESCO chính thức đưa Đảo san hô Aldabra vào danh sách di sản thế giới.